P1 Transdüksiyon Yöntemi ile Birden Fazla Gen Bakımından Mutant Olan Escherichia coli Suşlarının Elde Edilmesi
View/ Open
Date
2020Author
DİBEK, Esra
SEZER KÜRKÇÜ, Merve
HAZAR ÇİFTÇİ, Begüm
ÇÖL, Bekir
Metadata
Show full item recordAbstract
Bakterilerde gen fonksiyonlarının keşfedilmesi ve fenotipik çalışmalarının yapılabilmesi için mutant suşların
oluşturulması gerekmektedir. Bazı durumlarda, birden fazla gen açısından mutant olan suşlar oluşturulmalıdır
çünkü bazı spesifik aktiviteler birden fazla gen tarafından kodlanmaktadır. P1 fajı, Escherichia coli'de, ikili, üçlü
veya çoklu mutantların oluşturulmasında başvurulan, genelleştirilmiş bir transdüksiyon fajıdır. Bu faj, gelişimi
sırasında, E. coli kromozomunun parçalarını (her bir partikülde genomun yaklaşık % 2'si olmak üzere), rastgele
bir şekilde faj kafasına paketleyebilmektedir. E. coli DNA’sını içeren fajlar, içerdikleri DNA parçalarını, alıcı
bakteri hücrelerine enjekte edebilmektedir. Verici ve alıcı DNA bölgeleri arasındaki benzerlik ve seçici bir belirteç
yardımıyla, transdüktanlar’ın elde edilmesi mümkün olmaktadır. Transdüksiyon için tercihen, P1 fajının, virülan
bir türevi (P1vir) kullanılmaktadır, çünkü bu form, bakterinin genomuna entegre olamamaktadır. Fajın bu
özelliğinin kullanılmasıyla geliştirilen tekniklerden birisi, P1 transdüksiyon tekniği olarak adlandırılmaktadır.
Rekombinasyon teknolojisinde kullanılan bu teknik, E. coli genomuna ait DNA parçalarının, farklı suşlar arasında
taşınmasını sağlamaktadır. Bu çalışmada, optimize ettiğimiz P1 transdüksiyon metodolojisinin, deneysel akış ve
yeterli detaylarla birlikte, Türk bilim camiasına, ana dilimizde sunulması amaçlanmıştır. Bunun için, KEIO
koleksiyonundan elde edilen dört adet tekli gen mutantları kullanılmıştır. İlk olarak, kanamisin (Kan) duyarlı bir
alıcı suş oluşturmak için, her bir mutant suştan, Kan gen kasetleri çıkarılmıştır. KanR kasetlerine sahip diğer dört
adet KEIO mutant suşu, donör suşlar olarak kullanılmış ve P1 fajı bu suşlar ile kültür edilerek, lizatlar elde
edilmiştir. Bu lizatlar ve alıcı suşlar daha sonra, lizatlardaki fajların içerdikleri DNA parçalarını, alıcı suş
genomuna entegre edebilmesi için, transdüksiyona tabii tutulmuştur. Kanamisin ile seleksiyon sonucu, yeni mutant
suşlar olan ikili mutantlar elde edilmiştir. Sonuçta, isimleri tsgAugpA, yhdTompA, ugpAmdtG ve aroGmalF
olan, dört adet ikili mutant oluşturulmuştur. Deneysel akıştaki ilgili protokoller ve sonuçlara ait detaylar sunulmuş
ve tartışılmıştır.
Collections
DSpace@BEU by Bitlis Eren University Institutional Repository is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 4.0 Unported License..